患者输尿管结石碎石后疼痛原因具体如下：第一、碎石后，粉碎的结石完全排出体外需要一段时间，排出的过程中可能会引起梗阻性疼痛，属于正常现象，不必过于担心；第二、碎石手术后，会在患者膀胱内留置导尿管或输尿管内留置双J管帮助导尿，膀胱或者输尿管受到刺激，可引起痉挛性疼痛，属于碎石后常见症状。建议患者手术后，可在医生指导下服用促排石药物或解痉止痛药物，缓解症状。等碎石完全排干净，导尿管、双J管拔除后，症状会逐渐消失。