卵巢囊肿最佳的治疗方法是通过手术治疗的方式，切除卵巢囊肿，并且可以通过病理检测的方式，了解卵巢囊肿的性质。在了解了卵巢囊肿性质以后，再决定进行后续的治疗。对于良性的卵巢囊肿，在手术后都不需要进行后续的治疗，但需要定期观察了解是否复发。而对于恶性的卵巢囊肿，需要通过二次手术，了解有无出现肿瘤转移的情况发生。还有部分生理性卵巢囊肿，例如卵巢的黄体囊肿，一般在女性排卵后出现，在下次月经结束前逐渐的消失，这种类型的卵巢囊肿可以暂时观察。