治疗尖锐湿疣的方法很多，一般近期疗效显著，但是复发率很高，多数患者需要长时间多次治疗才能完全治愈。局部治疗有0.5%的足叶草毒素酊，是抗有丝分裂药，能破坏疣体，每天2次外用，连用3天，停药4天，为1个疗程，该药有致畸形作用，孕妇禁用。或者80%-90%的三氯醋酸，是腐蚀剂，通过对蛋白的化学凝固作用而破坏疣体。5%的米喹莫特霜也比较常用，可以刺激局部产生干扰素和其他细胞因子。5%的氟尿嘧啶霜多次治疗，每周一次，治愈率为75%。系统治疗，干扰素有抗增殖、抗病毒、抗肿瘤和免疫调节作用，通常用于皮损内的局部注射，每周三次，一般用8-12周。其他调节免疫药物有胸腺肽转移因子、左旋咪唑等。物理疗法有激光治疗、冷冻治疗、艾拉光动力治疗等等。