在肾囊肿的早期一般没有临床症状，如果囊肿比较大，囊肿压迫肾脏周围的器官，常常可以导致腰部的酸胀不适，囊肿压迫肾脏可导致肾萎缩及肾功能损坏，进一步发展可出现尿毒症的症状。如果单个肾囊肿的直径大于4cm，并且合并有疼痛，需要手术治疗。如果为多个囊肿，囊肿合并感染所导致的腰痛，这种情况称之为多囊肾合并感染，需要使用消炎药治疗，如果囊肿较大，也需要通过手术，囊肿减压后才能好转。