诊断肛周脓肿的时候主要是依靠其症状以及一些辅助检查，肛周脓肿最主要的症状就是疼痛，尤其是低位的肛周脓肿，这种疼痛往往是非常剧烈的，如果是发生高位的肛周脓肿的时候，患者有可能疼痛不是特别明显，但是会表现为局部的坠胀或者是便意感。患者还有可能会出现发热。出现肛周脓肿的时候可以通过看来判断一下红肿范围，也可以通过直接摸的方法来触摸一下肛周脓肿低位还是高位。另外还可以进行血常规的检查，判断脓肿的严重程度。B超检查广泛应用于肛周脓肿的诊断，可以准确的描述脓腔和瘘管的走向，和括约肌的关系，以及内口的位置。CT，核磁共振检查对于看不见摸不着的肛周脓肿可以起到一定的诊断作用。