三个月新生儿咳嗽可以通过口服止咳的药物进行调理，比如可以在医生的指导下口服氨溴索口服液，小儿止咳化痰颗粒能够起到止咳化痰的作用。如果是由于上呼吸道感染导致的咳嗽，大多是因为病毒感染，可以在医生的指导下口服抗病毒的药物进行治疗。比如可以口服小儿豉翘清热颗粒，蒲地蓝消炎口服液等。如果是因为细菌感染导致的新生儿咳嗽，可以给予口服抗生素治疗，比如可以口服头孢类的药物或者青霉素类的药物进行治疗。平时也要注意给宝宝多喝一些温水或者冰糖雪梨水，能够起到润肺止咳的作用。在吃奶的时候一定要吃温热的暖，不要吃凉奶，否则会出现呕吐。