肛肠囊肿的治疗方法主要是以手术切除为主，肛肠囊肿主要是指肛门囊肿或者直肠囊肿。在手术切除之前，首先需要完善肛门局部的检查，例如通过肛门指诊、电子肠镜和肛管彩超检查，来进一步明确囊肿的性质和大小，一般主要是以肛门周围的直肠脓肿或者皮下囊肿为主，通过明确其病理性质和范围大小，才能更有利于手术中的操作，并且根据不同的回报结果来选择不同的手术方案。例如单纯的皮下或者粘膜下囊肿，可以选择直接切除，并且切除以后将组织送病检。而如果是由于局部脓肿引起的肛门周围直肠脓肿，则需要进一步进行一次性切开引流和根治性手术。