治疗卵巢囊肿最好的方法是需要根据卵巢囊肿的大小，患者的症状，囊肿的性质来决定的。比如囊肿小于5cm，患者并没有什么症状，而且超声显示是均质的液性囊肿。那么有可能是生理性的，并不需要处理，大部分情况下都会自然的吸收消失的。如果有腹痛的情况，考虑炎症渗出导致的，可以选择静脉输液抗炎治疗。比如头孢和甲硝唑一类的，消炎之后囊肿大部分情况下会缩小或者消失的，如果卵巢囊肿大于5cm，那么建议手术治疗的，这样才能治愈。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。