对于应用同位素来治疗甲状腺功能亢进是有一定的利弊的。同位素治疗也称放射性碘131治疗，在治疗的时候要选择适应症，例如碘剂治疗常用于甲状腺手术的术前准备，或者甲状腺危象的情况，严重的甲状腺毒性和甲状腺心脏病，这样可以减少甲状腺充血，抑制甲状腺激素的合成和释放，通常是和抗甲状腺药物同时进行应用，属于暂时性的给药。如果长时间大量的给药会造成一定的不良反应和副作用，包括肝功能受损粒细胞减少等等，但是同位素治疗的优点是治愈率相对较高。