阴茎根部发红疼痛的原因主要是湿疹、或者真菌感染、阴虱、毛囊炎导致。1、阴茎局部它比较闷热潮湿，或者接触一些过敏的物质，很容易就发生过敏反应，造成湿疹，患者需要给予抗过敏治疗。2、如果是真菌感染，就要抗真菌治疗，常用的药物有特比萘芬等。3、如果有阴虱，大多数可能是经过性接触传播的，表现为阴茎根部瘙痒，发红疼痛，需要灭虱治疗。4、如果是毛囊炎引起的，最常见的就是金黄色葡萄球菌，可以使用红霉素软膏外用。建议患者如果出现阴茎根部发红疼痛，应该及时去医院就诊。