脑肿瘤的病因目前不十分清楚，癌症的发生与基因突变相关，这类基因叫做致癌基因，部分致癌基因发生在生殖细胞肿瘤上，会遗传给下一代大部分致癌基因是是由于后天环境造成的突变。这类突变不会引起脑肿瘤也不例外，p53基因异常会引发恶性肿瘤这类综合症患者发生脑瘤和其他癌症的风险较高，神经纤维瘤，结节硬化症等遗传疾病发生脑瘤的风险性也很高，大部分脑瘤发病相关的突变都是后者。能获得的不会遗传，不过目前尚不清楚导致这些突变的后天病因是有哪些。