慢性咽喉炎的病因有很多，主要为细菌和病毒感染，可继发于感冒，急性扁桃体炎后，或是急性咽炎反复发作。在机体抵抗力减弱，如熬夜，烟酒过度等情况下可诱发或是加重。还有气候季节的因素，寒冷可造成咽部黏膜血管收缩，巨噬细胞数目减少，局部的抵抗力下降。冬春季节气候变化大，室内空气流通差，也容易引起抵抗力下降和致病微生物的入侵。此外，精神紧张，睡眠不足，也是诱发慢性咽喉炎的常见因素。