膝关节蹲下后疼痛有以下原因：一、膝关节退性性病变。所谓退变是指膝关节随着年龄增长而出现关节软骨滑液分泌减少、关节软骨面磨损、关节肌肉韧带劳损、关节滑囊炎症渗出等情况。膝关节退变严重时可出现膝关节蹲下后疼痛。二、如果是青年人膝关节蹲下痛，多半是由膝关节半月板损伤导。膝关节半月板是膝关节腔内的一个软垫子，有缓冲关节震动、增加膝关节稳定性的作用，不适当的运动可导致膝关节半月板损伤，从而导致膝关节疼痛伴膝关节活动受限。三、膝关节蹲下痛，还要检查有无痛风、类风湿膝关节炎等其他原因引起的膝关节痛。