阴茎里面有刺痛主要考虑为淋病，尿道结石，尿道息肉等原因造成的。淋病属于性病的一种，主要是通过性生活进行传播的，由于淋球菌对尿道黏膜造成刺激，就会引起水肿，从而引起尿道口有分泌物并且造成刺痛。如果有尿道结石在排小便的时候，由于尿液对结石造成冲击，结石会刮伤尿道内的粘膜，也会引起阴茎里面有刺痛。如果有尿道息肉或者肿瘤，这样就会导致尿道堵塞并且造成水肿，也会引起阴茎里面有刺痛。