手指真菌感染可以通过以下方法进行治疗。1、手术治疗，主要是指将已经病变的指甲拔除，从而起到治疗灰指甲的作用。但是这种方法创面大，并且较难恢复。同时无法彻底去除真菌，因此很容易导致复发。费用也比其他疗法相对更高昂。因此，治疗灰指甲的方法中，手术并不是最好的疗法；2、口服药物，这是灰指甲的一种常规治疗方法。可以选择口服抗真菌类药物，起到去除真菌的目的，最后起到治疗作用。但是，口服药物有较长的治疗周期，长期服用也可能出现副作用。