一般情况下，医学上没有肛门囊肿的说法，多见的是肛门脓肿。肛门脓肿，在中医上属于肛痈病证范畴，属于感染性的疾病。中医的治疗主要是中医外科手术为主；同时也可进行中医内科辨证论治；还要注意预防肛瘘的形成。辨治如下：内治法分为：一，热毒蕴结证，清热解毒，仙方活命饮，黄连解毒汤加减。若有湿热之象，如舌苔黄腻，可合用萆薢渗湿汤。二，火毒炽盛证，清热解毒，透脓散加减。三，阴虚毒恋证，养阴清热，祛湿解毒，青蒿鳖甲汤和三妙丸加减。肺虚，加沙参，麦冬；脾虚，加白术，山药，扁豆；肾虚加龟板，玄参，生地，熟地。外治法：一，初期，实证用金黄膏，黄连膏外敷，位置深隐，可用金黄散调糊灌肠；虚证用冲和膏或阳和解凝膏外敷。二，成脓，早期切开引流。三，溃后，用九一丹纱布条引流，脓尽改用生肌散纱条。