做完肾结石手术后，患者小便时疼痛并且有血，考虑存在下列原因：肾结石手术主要分为体外震波碎石术、输尿管镜碎石取石术、经皮肾镜碎石取石术、开腹肾脏切开取石术。无论哪种手术方式都可能有结石残渣出现，小便过程中刺激损伤泌尿系组织，从而导致小便疼痛以及出血的情况。部分患者在碎石治疗后，可能出现尿路感染情况，在小便过程中就会出现上述临床症状。手术过程中可能导致泌尿系组织损伤，并且，会放置输尿管引流管。这些因素，也可能刺激患者出现小便疼痛、出血的情况。因此，建议患者及早去泌尿外科复查，通过检查确诊具体原因，然后再针对性治疗。