十二指肠球部溃疡的治疗，主要是使用药物进行抑制胃酸分泌，保护粘膜，同时根除幽门螺杆菌，促进胃动力等等。抑制胃酸的药物主要包括h2受体拮抗剂以及质子泵抑制剂，其中质子泵抑制剂能够有效的抑制胃酸的分泌，促进溃疡的愈合。使十二指肠球部溃疡的愈合能力明显增高，是目前治疗十二指肠球部溃疡的首选药物。保护胃黏膜的药物包括铝碳酸镁，硫糖铝等等，在胃的表面形成保护膜，减少胃酸对胃壁的刺激。同时，如果患者有幽门螺杆菌的感染，则需要使用抗生素以及质子泵抑制剂，进行根除幽门螺杆菌。