肛门疼痛的治疗，首先要到正规的专科医院系统的检查，必要时做肛门镜检查，或者是局部的CT检查，明确肛门疼痛的原因，然后再选择相对应的治疗方式。如果肛门疼痛是由于痔疮导致的，可以选择高锰酸钾稀释液局部熏洗坐浴，同时在患处局部涂抹马应龙痔疮膏，或者是选择栓剂肛塞治疗。如果肛门疼痛是由于肛裂引起的，建议及时的采取手术治疗的方式。如果肛门疼痛是由于肠道的肿瘤，比如直肠癌导致的，可以选择以手术为主的综合治疗，包括化学治疗、放射治疗、免疫治疗、靶向治疗等等。