小孩咽痛高烧40℃是一个比较高的热度，要及时进行降温处理。降温可以给孩子服用退烧药，可以服用布洛芬或者是对乙酰氨基酚。如果孩子口服退烧药比较困难，可以采用肛门给退烧栓的方式。通常用完退烧药以后，体温会有所下降。另外，孩子咽痛的时候，有可能是出现了扁桃体化脓，或者是咽部的感染。最好去医院就诊，查一个血常规，明确孩子发烧是病毒还是细菌感染造成的。如果有必要，做一个流感拭子检查，除外流感造成的咽痛、高烧。明确病因以后可以采取有针对性的治疗。如果是流感造成的高热，可以给孩子服用奥司他韦，可以明显的缩短发烧的病程。如果是细菌感染造成的化脓性扁桃体炎，要在医生的指导下，合理服用抗生素药物进行治疗。如果是病毒感染造成的咽痛、发烧，要给孩子服用抗病毒药物，比如蒲地蓝消炎口服液。