小便时尿道刺痛，要去除诱因，消肿止痛，抗炎治疗。如果明确是由于急性尿道炎引起的，应当运用诺氟沙星，头孢氨苄，左氧氟沙星等抗生素予以治疗，用复方黄柏洗液清洗尿道口，改善尿道炎引起的尿道瘙痒症状。尿道结石压迫尿道神经引起的疼痛，做尿道影像学检查明确后，行药物排石或者在尿道镜的辅助下用取石钳将结石取出。尿道外伤引起尿道黏膜破损，引起小便时尿道刺痛，可以通过手术的方法修复受损尿道黏膜。