对于裂纹舌的病因，目前学术界尚无统一的意见。单纯的裂纹舌一般是良性体质。仅为舌背表面出现不同形态、不同深浅、不同排列的沟纹。裂纹舌多伴有地图舌，有报告称，新生儿裂纹舌发病率约为0.8%，学龄儿童为百分之5到15%。十岁前发病率较低，10至60岁随年龄增加，发病率增高，60岁后上升趋势停止。裂纹舌的严重程度与年龄呈正相关。特别是40岁以后更明显，可能随着人体的衰老，舌营养吸收能力降低，造成代谢障碍而产生沟纹舌。有一些其他的疾病因素，如果裂纹舌合并有其他症状，则提示存在有系统性疾病，需要完善相关检查。慢性支气管炎，胃炎，胆囊炎，结核等慢性病，影响消化吸收可能会导致出现沟纹舌。银屑病、天炮窗、梅洛综合征、干燥综合征、伤寒、梅毒感染、唐氏综合征及肢端肥大症等，常伴沟纹舌。