原发性的三叉神经痛的发病机制，目前正处于研究状态，仍然没有准确的结果。但是大多数的医生通过手术已经证明，原发性的三叉神经痛，是血管对三叉神经从脑干发出部位的地方，造成了压迫，而导致继发性的三叉神经疼痛，通常是由于神经附近，器质性的病变所引起的。原发性的三叉神经痛目前仍找不到确切的病因，多数临床医生都比较支持，是由于血管对三叉神经造成压迫，而使其出现功能障碍引起的疼痛症状。该疾病的主要诱发因素包括遗传倾向、精神压力过大、免疫因素以及神经损伤等。而继发性的三叉神经疼痛，通常是由于邻近部位出现了外伤、炎症、或者肿瘤压迫等疾病因素，所导致的三叉神经受损而引起的疼痛现象。