肛门囊肿具体的治疗方法，还是要根据肛门囊肿所产生的症状而定。如果囊肿在平时的时候没有任何的不适感觉，对于日常的生活没有任何的影响，那么一般不需要进行主动的治疗，主要还是以观察为主。如果囊肿出现感染的情况，那么一般都是由于细菌的感染，主要就是以对症治疗为主，可以使用碘伏涂擦以后，涂抹红霉素软膏进行治疗，还可以口服抗生素药物。如果感染脓液已经形成的话，那么可以进行切开引流的手术，如果肛门囊肿在非感染期，也可以采取主动切除的手术治疗方法。