尿道口疼痛主要的原因可能是因为泌尿系感染而导致的尿道疼痛，还有一部分是因为尿道外有明显的新生物形成之后反复摩擦，而导致的尿道外口疼痛。第一种泌尿系统感染主要是因为细菌从尿道口进入到尿道，引起膀胱和尿道黏膜的损伤而导致的尿频、尿急，排尿时疼痛、尿不尽，甚至血尿、发热、寒颤等症状。这种情况主要是因为大肠埃希菌、变形杆菌或链球菌等等而导致的泌尿系感染，常规使用抗生素进行处理。如果是慢性炎症而导致的尿道外口形成息肉样的新生物，称之为尿道肉阜。较小的尿道肉阜一般注意清洁之后自行消退，较大的因为反复的摩擦尿道口而出现明显的疼痛、尿道外口出血等等，需要进行手术处理。