男性小便时尿道口疼痛的原因，主要是由于膀胱、尿道或者是临近的器官，受到炎症、结石、肿瘤、异物等病理性刺激而引起。很多原因都会引起这种排尿时尿道口疼痛的症状，最常见的疾病是泌尿系统的感染性疾病，比如男性的尿道炎，除了这种疼痛的症状外，还会出现尿道口黏膜红肿，自男性的尿道外口出现脓性、黏液性分泌物的症状。另外，男性的急性前列腺炎或者是慢性前列腺炎，也会出现排尿时尿道口疼痛的症状，这主要是由于炎性因子刺激尿道黏膜而引起。除了这些感染性疾病之外，泌尿系统的结石，比如膀胱结石、尿道结石或者是尿道内的异物等情况，也会引起这种症状。