对于感染引起的包皮龟头炎，应针对病原菌进行治疗：急性浅表性包皮龟头炎和环状糜烂性包皮龟头炎，应选左氧氟沙星等治疗；念珠菌性包皮龟头炎常用克霉素或伊曲康唑；滴虫性包皮龟头炎首选甲硝唑；阿米巴包皮龟头炎应用依米丁注射；云母状和角化性假上皮瘤性包皮龟头炎局部外用细胞毒类药物，如氟尿嘧啶溶液；浆细胞性包皮龟头炎用二氧化碳激光治疗。对找不出病因的包皮龟头炎，急性期有糜烂或溃疡可选择硼酸溶液、1/5000高锰酸钾溶液等冲洗、湿敷；干燥脱屑可给予乳剂或软膏，如皮质激素软膏等。治疗疾病的关键是找准病因，依据病因，综合考虑各种因素，再选出最佳治疗方式，经治疗后症状消失、体征减退，局部无病原菌，龟头炎得到治愈，就可认为达到了预期的疗效。