同房后小便不舒服的原因是多种多样的，但常见的原因有以下几种：1、可能是因为有妇科炎症，如急性尿道炎或急性阴道炎等，因为在同房过程中无论是男方或女方，如果不注意个人卫生，很容易形成两方的交叉感染。在同房过程中，是形成细菌转移性感染和繁殖的最佳时期，并且在同房时由于体内激素，以及阴道里面激素的含量的变化，就给细菌的繁殖造成更好的互外部环境，这时就可以导致阴道炎以及尿道炎。当女性有急性尿道炎时，可能产生尿频、尿急、尿不尽等一系列不舒服的症状。2、可能是因为精神因素造成，因为在同房的过程中，女性的神经系统比较兴奋，大脑皮层的兴奋性提高。其中兴奋性递质，如多巴胺释放会有一个明显的上升，这些兴奋性神经递质，也可以对女性的泌尿系统产生间接的影响，从而产生同房后小便不舒服的异常感觉。