阴茎根部上面疼痛，可能和阴茎根部上面皮肤炎症，或者与前列腺炎、输尿管炎有关。例如阴茎根部上面皮肤受到皮肤细菌损害，导致局部皮肤炎症，就会引起局部皮肤红肿热痛。另外严重的可能会出现疱疹或者脓肿。另外在患有前列腺炎或者尿道炎后，会引起阴茎根部上面皮下神经和粘膜受到压迫，从而导致局部疼痛，通常会伴随着尿路不适症状，例如尿频、尿急、尿痛，尽量完善前列腺和尿道超声检查，包括尿常规检查，明确具体病因，然后对症治疗。