男性衣原体阳性常常提示有泌尿生殖道衣原体感染，男性非淋菌性尿道炎中，约30%-50%为衣原体引起的非淋菌性尿道炎，病人出现非淋菌性尿道炎时常常会出现尿道发痒、尿道不适或尿道外口稀薄分泌物。通过分泌物培养常常能找到衣原体阳性，通过选择有效的抗生素，如盐酸多西环素、盐酸米诺环素、罗红霉素、甲砜霉素等序贯治疗四周左右，多数男性的衣原体阳性会彻底好转。