支气管镜可以检查的疾病，包括气管及支气管内的病变，肺部炎症性病变，肺部间质性的病变，肺部肿瘤性病变。支气管镜通过口腔，经过声门插入气管，支气管内，以及更细的支气管，通过镜下观察气管内粘膜情况，以及通过支气管镜下的粘膜的脱落细胞学刷检，针刺活检，以及做支气管镜下的冲洗治疗。一般的肺部炎症性疾病，或者肿瘤性疾病，通过支气管镜的检查，都可以得到初步的诊断。