耐多药结核病主要来源于复治失败或复治的慢性病例。化疗方案的新制定必须以实验室提供的药物敏感试验为结果基础，或地区耐药监测质量为依据，同时必须了解患者既往的治疗经过和用药状况，才可选择二线药，在未获得药敏结果之前，均以患者既往用药史和地区耐药资料作为选择药物和确诊方案的依据，获得药敏结果后进行调整，对于耐异烟肼和利福平两种或两种以上药物的结核，主张每天用药疗程延长至21个月，世界卫生组织推荐一线和二线药物可以混合用于治疗耐多药结核，一线药物中除烟肼和利福平已耐药外，可根据药敏情况选择。耐多药结核主要的二线药治疗，包括氨基糖苷类，硫胺类，氟喹诺酮，环丝氨酸，对氨基水杨酸钠等。