两个月宝宝咳嗽，可能炎症感染的原因造成，也有可能是非感染性的原因，特别是过敏或者理化刺激，也有可能是自身免疫系统疾病造成。因此需要查明病因，针对病因应用药物治疗。如果是炎症感染的原因造成，查明病原体，并且针对病原体应用抗病毒的药物或者抗生素等药物进行治疗。如是过敏性的原因可以采取抗过敏的方法治疗，应用肾上腺糖皮质激素或者抑制炎症介质释放的药物治疗。