十二指肠球部溃疡通常首选内科综合治疗，常用抑酸药和胃肠黏膜保护剂。抑酸药包括H2受体阻滞剂和质子泵抑制剂两类，H2受体阻滞剂目前常用的有西咪替丁、雷尼替丁、尼扎替丁和法莫替丁，疗程为4-8周。对于巨大溃疡、复发性溃疡，以及有并发症时的治疗，吸烟患者伴全身疾病的溃疡患者，需要延长治疗期限，临床有效率为70%-90%。质子泵抑制剂的有效率可以超过90%，常用的有奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑等等，疗程为两周，故目前使用质子泵抑制剂较为广泛。另外，还有胃黏膜保护剂，如硫糖铝，可以保护胃肠黏膜，促进治疗。除药物外，三餐要规律，选择清淡、柔软、易消化的食物。内科治疗仅仅使部分病人可以出现完全缓解，因为本病的病程长，容易复发，病情多比较重，内科治疗有些不满意，又因为消化道出血，以及器质性的十二指肠梗阻、穿孔等并发症比较多见，当出现上述情况时，要尽早进行手术治疗。