小便疼痛的原因考虑如下：1、泌尿系统感染疾病，炎症会刺激黏膜组织导致黏膜组织破溃、出血。在排尿时尿液会刺激伤口部位引起小便刺痛，往往还伴有排尿刺激征：尿频、尿急、尿痛。2、前列腺炎，与尿路感染的症状类似，患者排尿疼痛的同时还会有阴部坠胀疼痛等。3、尿道结石，结石会随着尿液排出体外，如果尿道比较狭窄引起梗阻，也会导致疼痛。4、其它因素：淋病、非淋性尿道炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、滴虫病、梅毒等均可引起小便疼痛，需要注意鉴别。