脑中风后遗症最常见的病因是缺血性脑血管疾病脑梗死以及出血性脑血管疾病脑出血。第一，缺血性脑血管疾病脑梗死，包括脑血栓形成和脑栓塞。脑血栓形成最基本的病因是动脉粥样硬化、结缔组织病、细菌、病毒、真菌感染导致的动脉炎、血系统疾病如血小板增多、血小板性紫癜、高凝状态、真性红细胞增多等。以上病因均可以导致脑血栓形成造成中风后遗症。脑栓塞常见的病因是心源性和非心源性的栓子，也会造成大面积脑梗死或者中风而导致后遗症。第二，出血性脑血管疾病脑出血，通常是由于脑内动脉瘤破裂出血所导致的。也可以见于肿瘤出血、脑动脉夹层破裂出血、烟雾病、脑血管淀粉样变性、脑动静脉畸形出血等原因。以上出血性脑血管疾病均可以导致中风后遗症。