治疗灰指甲可采用局部治疗、系统治疗和非药物治疗。局部治疗的主要问题是药物不能很好渗透至整甲因而疗效有限。5%的阿莫罗芬搽剂对于累及甲母质的甲癣治愈率不高，对于甲母质受累的甲癣患者，则可以与口服药物如伊曲康唑和特比萘芬联合使用，联合治疗比单一治疗具有更宽的抗菌谱，且有一定的治疗协同作用，可以明显提高治愈率，降低不良反应发生的风险。系统治疗：除了适于外用药物治疗的甲真菌病以外，各型甲真菌病可选用系统药物治疗，主要口服抗真菌药物，包括特比萘芬、伊曲康唑和氟康唑。这些用药均须在皮肤科医务人员指导下进行。非药物治疗包括拔甲或病甲清除术。