亚急性甲状腺炎的治疗，如果是轻型的，一般可以用非甾体类抗炎药。如果是中重型的患者，可以给予泼尼松来治疗，一般维持四周。如果有一过性的甲状腺功能减退症的患者，可以给予甲状腺素；如果有一过性的甲状腺功能亢进症的患者，也可以根据情况选择抗甲状腺药物。亚急性甲状腺炎是一种与病毒感染有关的自限性的甲状腺疾病，一般预后良好，不遗留甲状腺功能减退症，常见的病毒有流感病毒、柯萨奇病毒、腮腺炎病毒以及腺病毒等。