小便时阴部疼痛，是泌尿系统常见症状。引起的原因主要有以下几个方面：一，急性下尿路感染，包括急性细菌性膀胱炎、急性尿道炎，会出现明显的小便时会阴部疼痛以及尿急、尿频、尿急迫、终末血尿或者全程肉眼血尿，下腹部、耻骨后的疼痛等症状。二，男性患者存在急性细菌性前列腺炎或者慢性前列腺炎，会出现小便时阴部疼痛、尿频、尿不尽、尿分叉、尿滴沥等症状。三，下尿路结石，如膀胱、尿道结石或者异物崁顿于尿道，会出现明显的小便时阴部疼痛、排尿困难、尿线变细、终末血尿等症状。