真菌检查主要通过直接镜检的方法，找到菌丝和孢子。适用于浅部和深部的真菌感染。首先应采集标本，采取标本是检验能否取得正确结果的关键。根据临床表现，选取相应部位的标本。如可选取鳞屑、菌痂、病甲、脓液、渗出物等分泌物，头发、断发以及脑脊液等。将采集的标本放置于载玻片上，加一滴10%氢氧化钾溶液，盖上盖玻片，微微加温，吸去溢液，放置于低倍显微镜下观察，找到菌丝和孢子后，再用高倍镜证实。必要时还可行真菌培养法确定菌种。