乙肝抗病毒治疗的副作用，要结合抗病毒的具体药物来进行分析，常见的抗病毒包括：1、口服核苷类的药物，一般短期多见有胃肠道不适、头晕、嗜睡、失眠、腹泻等这样的症状，长期服用会出现对血磷的影响，造成低磷血症，所以对于老年人、骨质疏松的病人应该慎用，同时经常进行肾功能的检查。2、肌肉注射皮下注射干扰素。干扰素的副作用会比较多，在注射的初期，会出现类流感样的症状，部分患者会出现头痛、发烧、骨髓抑制、脱发、消瘦以及焦虑，甚至会诱发自身免疫性的疾病，部分人会出现白细胞、血小板的下降。在使用过程中要注意定期监测，必要的时候给予相应的处理。