胃肠间质瘤形成的原因包括环境因素和遗传因素。环境因素包括环境中存在放射性因素以及水源和土壤中的微量元素。某些遗传性疾病也会增加罹患胃肠道间质瘤的风险。以上因素均无明确结论。胃肠道间质瘤是起源于胃肠道间质细胞的肿瘤，其生物学行为可以是良性，也可以是恶性。对于直径小于两厘米尤其是直径小于一厘米的胃肠道间质瘤认为是良性肿瘤。胃肠道间质瘤的治疗方法包括手术切除以及靶向药物治疗。需要根据肿瘤的大小以及病理核分裂象的多少进行危险因素分级，综合因素制定治疗方案。