宝宝长期服用制霉菌素，会有以下副作用：1、恶心、呕吐，宝宝如果长期大量服用制霉菌素，可出现消化道反应，比如恶心、呕吐或是上腹疼痛，但在减少或停止用药后就会逐渐消失。2、肌肤灼烧感，有的宝宝在服用制霉菌素后，肌肤表面会出现红肿的过敏现象，应马上停止用药，并观察是否会出现其他异常情况。3、引发菌群紊乱，长时间服用制霉菌素，容易导致菌群紊乱。