男士小便疼痛常存在有下尿路病变。临床上常见的如慢性前列腺炎，慢性前列腺炎患者由于前列腺充血，水肿，排尿时容易出现疼痛症状。另外还会出现会阴部、下腹部等明显疼痛。还可见于尿道炎症，尿道炎症常有淋球菌或者支原体，衣原体感染造成，早期以前尿道炎比较多见，患者往往在排尿时出现小便疼痛以及小便灼热的临床表现。急性膀胱炎在排尿终末也会出现排尿疼痛的临床症状。其他的疾病还可见于膀胱结核，膀胱结石等。