输尿管结石碎石后还疼，常见的原因是因为结石没有完全碎成小石块，部分仍然存在于输尿管中或者输尿管碎成的小结石沿输尿管道向下行的过程中，会划伤尿道粘膜，导致出现疼痛。此外，如果是体外冲击波碎石，冲击波会对局部皮肤造成不同损伤，引起局部皮肤疼痛。下行的结石有可能会划伤尿道粘膜，形成尿道炎，这种情况下也容易导致尿道疼痛的症状，需要化验尿常规以及完善彩超检查，确定具体原因，对症治疗。