真菌感染多数情况下，应用口服或外用抗真菌药物可以根治，但需要足够疗程。不同的真菌感染的临床疾病治疗方法有所不同。对于甲真菌病，也就是灰指甲，如果感染指甲数量少，只有一两个可以外用药治疗，如阿莫罗芬搽剂。如果多个指甲受累，需要口服抗真菌药物，如伊曲康唑或特比萘芬，疗程一般比较长3到4个月。对于手足癣，口服及外用抗真菌药物，疗程两到四周。对于体股癣，口服抗真菌药物，疗程两周。外用抗真菌药物疗程3到4周。对于头癣，需要口服及外用抗真菌药物疗程四周。对于花斑癣或霉菌性阴道炎，口服抗真菌药物疗程一周。