肛门脓肿通过药物治疗以及手术治疗最好。肛门脓肿主要指的是肛周脓肿，如果只是轻度的脓肿，这种情况下可以先采取抗生素药物治疗。但是如果脓肿已经成熟，则应该进行手术治疗，主要是手术切开脓肿部位，然后将脓液引流，伤口一定要呈开放式，并且每天都应该更换引流条，这样可以帮助更彻底的清除脓液。期间还要结合抗生素药物治疗，手术后抗生素一般通过输液的方式使用，这样能够更大限度的帮助消炎治疗。患者在手术恢复期间要补充优质蛋白。