女性存在双侧附件囊肿的问题，需要先确定囊肿的性质，才能制定对应的治疗方案。出现双侧附件囊肿的现象，可能是盆腔中存在炎症导致的炎性囊肿，对于这种情况，可以通过抗炎和止痛的方式进行治疗。如果患者是巧克力囊肿，容易引起痛经的症状，严重的还会影响到生育，可以考虑手术将其切除，达到治疗目的。如果患者只是单纯性的囊肿，可能是生理性的黄体囊肿，可以不用进行特殊治疗，大多属于正常表现。