支原体和衣原体感染是比较容易治疗的。在原则上一般应做到早期诊断，早期治疗，规则用药，治疗方案个体化。常用的治疗方案，常用的治疗方案为口服多西环素、阿奇霉素、美满霉素或红霉素类药物。如果是妊娠期的支原体，衣原体感染，可以口服红霉素或阿奇霉素，不宜使用四环素类药物。如果是新生儿衣原体感染了眼结膜炎可以用红霉素干糖浆粉剂、红霉素眼膏或者是四环素眼膏。患者的治愈标准是自觉症状消失，无尿道分泌物，细胞涂片也未见支原体和衣原体。