三个月宝宝鼻塞咳嗽打喷嚏，可能是上呼吸道感染，有可能是病毒性的感染，也可能是细菌性的感染，因此需要查明病原体，针对病原体应用药物治疗。病毒性的感染可以应用抑制病毒合成酶的药物，应用抑制病毒与正常细胞结合的药物进行治疗。如果是属于细菌性的感染，可以选择应用青霉素类的抗生素或者大环内酯类的抗生素治疗。应用缓解感冒症状的药物，或者应用抑制组胺释放的药物进行治疗。